Već godinama je prisutna aktualna problematika zagađenja rijeke Neretve na području općine Konjic. Prethodnih godina dogodio se nemali broj incidentnih industrijskih zagađenja za koja nikada nije utvrđen odgovorni počinilac. Ove godine incidentna zagađenja rijeke Neretve nisu primjećena. Ipak, i ove godine, kao i prethodnih prisutno je konstantno zagađenje vodotoka na području grada, kako od strane industrijskih postrojenja, tako i od strane drugih manjih zagađivača (uslužne djelatnosti), te domaćinstava. Svo to zagađenje se najjasnije ispoljava na području gdje rijeka Neretva „utječe“ u Jablaničko jezero, a to je praktično područje u centru Konjica.U pravilu, riječni ekosistemi podnose i par puta veće zagađenje u odnosu na jezerske, a i dalje su smješteni u istu kategoriju kada su u pitanju određeni indeksi koji pokazuju stanje ispitivanih voda. Tako je i sa rijekom Neretvom i Jablaničkim jezerom u koje Neretva „utječe“ u centru grada. Najbolja demonstracija ovog pravila se prikazuje upravo na dijelu gdje Neretva prelazi u jezero. Upravo tu dolazi do smanjenja brzine kretanja vode, i dodatne koncentracije i akumuliranja zagađujućih materija, što doprinosi i pojavi cvjetanja vode kao i povećanoj koncentraciji određenih patogenih (štetnih za zdravlje) organizama. Sve to se demonstrira u vidu smeđe prevlake koja se pojavljuje u površinskom dijelu vodenog stuba. Ovo je nedavno i potkrijepljeno rezultatima koje je objavila Agencija za vodno područje Jadranskog mora (rezultati iz jula 2012.). Tako je kod starog Željezničkog mosta na Drecelju (južni izlaz iz Konjica) izmjerena koncentracija koliformnih bakterija (najvjerovatnije fekalnog porijekla) koja premašuje dozvoljene vrijednosti za upotrebu takvih voda u turističke svrhe. Uzvodno od Konjica, kao i nizvodno, na području Ostrošca, te vrijednosti su ispod maksimalnih dozvoljenih granica.
Budući da se u rijeku Neretvu na području grada izlijevaju svi kanalizacioni vodovi, ovo je djelimično i očekivan rezultat jer se na ovaj način u Neretvu svakodnevno ispuštaju jako velike količine organskog zagađenja, koje se usporavanjem Neretve na području naselja Kolonija i ispod gradskog stadiona  dodatno koncentriše što daje neželjene efekte u vidu prekomjernog zagađenja. Jedini način na koji se ovo može riješiti je izgradnja gradskog kolektora za prečišćavanje vode, za čiju su izgradnju u toku pripremni radovi.
Direktnu vezu sa ovako izraženim zagađenjem na području nizvodno od naselja Kolonija ima i tzv. turistička kota Jablaničkog jezera, a koju je tokom par mjeseci ljetne sezone dužna održavati EP BiH. Budući da se tzv. turistička kota podudara sa kotom uspora Jablaničkog jezera, odnosno lokacijom utoka Neretve u Jablaničko jezero, upravo na ovom području dolazi i do najvećeg nakupljanja organskih materija i prekomjernog zagađenja. Jedina stvar koja u konačnici može da riješi u potpunosti problem zagađenja ovog područja jeste navedena izgradnja kolektora sa prečišćivačem, kao i dodatna kanalizaciona infrastruktura koja bi sprovela otpadne vode do kolektora. Do tada, potrebno je iznaći načina i pokušati kontrolirati prekomjerno zagađenje koje se dešava već par godina. Jedna od mogućih solucija jeste da se u saradnji sa HE Jablanica dogovori ispuštanje voda i spuštanje nivoa Jablaničkog jezera što bi prije svega „pomjerilo“ ovaj najzagađeniji dio vodenog stuba nizvodno od same gradske jezgre sa jedne strane, a sa druge strane bi raspršilo zagađujuće materije na veću vodenu površinu, te samim tim i ublažilo posljedice. Dokaz za takvo što je i trenutno ispuštanje jezera, gdje je ista količina zagađenja kao i u prethodnom periodu raspršena na puno veću površinu i količinu vode, što je ublažilo posljedice zagađenja i onemogućilo daljnje cvjetanje vode.